Columbia's brennhete brennende ende kom da STS-107-astronautenes familier ventet på rullebanesiden for at alle skulle komme hjem. Dens bortgang ble fanget på flere amatørvideokameraer, hvorav mange ble sendt på nytt på nyhetsnettverk.
I løpet av de neste fire månedene drev rundt 20.000 frivillige ut over det sørvestlige USA for å finne deler av skyttelen, og kom med 85 000 stykker (38% av skyttelbussen) samt menneskelige levninger. I mellomtiden nulletter etterforskerne seg raskt på et skumstykke som falt av Columbia-ytre tank og slo vingen. En syv-måneders henvendelse kjent som Columbia Accident Investigation Board ga etter hvert det som den endelige årsaken til skyssens bortgang, selv om det også var andre faktorer.
Katastrofen drepte syv mennesker: Rick Husband, Willie McCool, Michael Anderson, Kalpana Chawla, David Brown, Laurel Clark og Ilan Ramon (som var Israels første astronaut.) I en tid da de fleste skyttelbussen var fokusert på å bygge den internasjonale romstasjonen, dette mannskapets mandat var annerledes: å bruke 24 timer i døgnet på å gjøre forskningseksperimenter. Noe av arbeidet var utvinnbart fra mannskapets 16 dager i verdensrommet.
Columbia's bortgang førte til flere designendringer i den eksterne tanken da NASA nullet på "skumproblemet." NASA satte inn en ny prosedyre i bane for astronauter for å skanne skyttelens mage etter ødelagte fliser ved hjelp av robot Canadarm og videokameraer; transport fløy også til den internasjonale romstasjonen på en slik måte at astronauter på stasjonen kunne ta bilder av bunnen.
Return-to-flight-oppdrag STS-114 i juli-august 2005 ga mer skumtap enn forventet. Da fant NASA noe. I lang tid ble arbeidstakere ved Michoud Assembly Facility beskyldt for feil skuminstallasjon etter delvise tester på eksterne stridsvogner, men en røntgenanalyse på en hel tank (gjort av grunner som er forklart i dette blogginnlegget fra daværende skytteleder Wayne Hale) avslørte at det faktisk skyldtes "termiske sykluser forbundet med å fylle tanken."
“Discovery fløy 4. juli 2006; ingen vesentlig skumtap skjedde. Jeg anser det for å være den reelle retur til fly for romfergen, »skrev han. “Så var vi dumme? Ja. Kan du lære av feilen vår? Jeg håper det."
